Первые пациенты были госпитализированы в неврологическое отделение ГКБ в декабре 1982 года. К маю 1983-го начали функционировать почти все специализированные хирургические отделения стационара. Сегодня ГКБ №21 - это одно из крупнейших медучреждений республики. Ежегодно здесь оказывают стационарную специализированную медицинскую помощь, в том числе высокотехнологичную, более 33 тысячам пациентов, первичную медико-санитарную помощь – более 105 тысячам пациентов.

Больница обслуживает городское и сельское (Уфимский район) население – это более 112 тысяч человек. В структуру амбулаторной службы входят: 2 поликлиники, 3 участковые больницы в Булгаково, Дмитриевке, Авдоне, 13 врачебных амбулаторий и 25 фельдшерско-акушерских пунктов.

21 больница выполняет функции Головного травмоцентра для пострадавших при дорожно-транспортных происшествиях, регионального сосудистого центра №2 для больных северной части республики и близлежа­щих к столице районов с количеством населения – более 1 млн.

Больница является одной из ведущих учебных баз 11 кафедр Башкирского государственного медицинского университета.

В историю больницы вписаны два события, послужившие настоящей школой по организации и оказанию экстренной медицинской помощи больным с множественными сочетанными травмами и отравлениями. Это техногенные катастрофы у станции Улу-Теляк в 1989 г. и на заводах Химпром и Синтезспирт в 1990 году.

ГКБ № 21 – одно из первых сре­ди лечебных учреждений Башкортостана и Советского Союза по вне­дрению и освоению инновационных хирургических методов. В 1994 году здесь начали проводить лапароскопические операции. Впервые в респуб- лике хирурги больницы выполнили и внедрили в широкую практику пластику при грыжах, различные способы лапароскопических операций при скользящих грыжах пищеводного отверстия диафрагмы, лапароскопическое удаление селезенки, желудка.

О высокой квалификации врачей ГКБ№21 свидетельствует её участие в медицинском обеспечении между­народного саммита ШОС и БРИКС в 2015 г., детских Олимпийских игр по хоккею в 2016 г., визитов дипломатических миссий и зарубежных делегаций, различных мероприятий международного и всероссийского уровней.

В рамках XI международного Конгресса «Нейрореабилитация-2019» по итогам общероссийского конкурса «Время жить!» за достижения в области борьбы с инсультом врачи ГКБ №21 стали победителями в номина­ции «Лучшая мультидисциплинарная бригада второго этапа реабилитации больных инсультом».